On insiste généralement sur le nombre important de temples et de lieux sacrés mis au jour à Bahreïn, par rapport aux rares sites d’habitat antiques ; beaucoup veulent y voir la confirmation de la position privilégiée occupée par Dilmoun dans l’inconscient et la religion des anciens Mésopotamiens.

Le mythe d’Enki et Ninhursag (l’un des textes-clés de la religion sumérienne) paraît en effet décrire Dilmoun comme un lieu mythique et paradisiaque:

« Sainte est la ville qui vous est octroyée, Saint (aussi) est le pays de Dilmoun;
Saint est Sumer..., saint est le pays de Dilmoun;
Le pays de Dilmoun est saint, le pays de Dilmoun est pur,
Le pays de Dilmoun est lumineux, le pays de Dilmoun est rayonnant.
Lorsqu’il se fut installé le premier à Dilmoun, le lieu où Enki s’installa avec son épouse,
Ce lieu (devint) pur, ce lieu est rayonnant ».
« A Dilmoun, nul corbeau ne croassait
La perdrix (?) ne caquetait pas,
Le lion ne tuait pas,
Le loup n’emportait pas l’agneau,
Le chien ne savait pas soumettre les chevreaux,
Ni le sanglier manger le grain;
Le malt étalé par la veuve sur son toit, les oiseaux du ciel ne venaient pas le picorer;
La colombe ne courbait pas la tête;
Aucun malade des yeux ne disait « J’ai mal aux yeux!»,
Aucun malade de la tête ne disait « J’ai mal à la tête!»;
Aucune vieille femme ne disait: « Je suis vieille! »,
Aucun vieillard ne disait: « Je suis vieux! »;

On apprend surtout, plus loin dans le texte, que Dilmoun doit son aspect luxuriant au dieu sumérien de la sagesse et des abysses, Enki, qui y apporta l’eau (et donc la vie) en faisant se rejoindre «l’eau du dessous» (l’eau douce) et celle du «dessus» (l’eau de mer). Selon la célèbre Épopée de Gilgamesh, c’est à Dilmoun que résidait Ziusudra, l’unique survivant du Déluge. C’est auprès de ce dernier que Gilgamesh, le fameux héros sumérien, vint chercher le secret de la jouvence perpétuelle.

La réalité archéologique, naturellement, est plus prosaïque. Plusieurs édifices, identifiés comme des temples, ont été mis au jour. C’est notamment le cas du temple de Barbar — découvert par l’expédition danoise de 1954 — qui demeure le sanctuaire le plus caractéristique de Bahreïn, avec sa plate-forme ovale de 70 mètres de long et sa cella, son enclos sacrificiel, son long escalier de 15 mètres donnant accès à une sorte de piscine, soigneusement bâtie en blocs de calcaire appareillés. Cette dernière installation, connectée à une source, était certainement destinée à alimenter le temple en eau pour les besoins du culte, mais on peut aussi y trouver la marque d’un symbolisme mythologique en relation avec l’apsu, la fameuse mer d’eau douce, domaine du dieu Enki à qui ce temple était peut-être dédié (à moins qu’il ne l’ait été à son fils Inzak, dieu tutélaire de Dilmoun). Plusieurs ensembles d’objets, associés à divers états du temple, ont souvent été interprétés comme des «dépôts de fondation»; le plus fameux comprenait, aux côtés d’un groupe de gobelets en céramique, des vases cylindriques d’albâtre et surtout une remarquable tête de taureau en cuivre, aujourd’hui largement popularisée à Bahreïn et presque devenue un symbole national.

D’autres sanctuaires ont été fouillés à Diraz et à Saar. Sur ce dernier site, le temple est apparemment resté en usage très longtemps, au-delà même de l’abandon de la cité ; son plan, relativement rudimentaire, ne comportait qu’une salle unique à trois piliers et possédait de curieux autels pourvus d’un décor modelé évoquant la forme du croissant lunaire. Un «autel» en pierre, de forme assez similaire, provient, lui, de la source d'Umm es-Sujour, et paraît en confirmer, par sa seule présence, le rôle sacré.

Le rare mobilier de ces sanctuaires ne permet pas toujours d’appréhender clairement ce que devaient être la religion, les dieux, et les croyances du peuple de Dilmoun. Seule l’iconographie des nombreux sceaux livre, à cet égard, quelques indications : représentations de divinités, scènes de culte, scènes érotiques sacrées, etc. Mais l’interprétation de ces représentations symboliques demeure encore très difficile.